分類總是五花八門，總體來說可以分為PCR擴增儀和實時熒光PCR儀兩大類，有人也把它們稱為半自動和全自動，或者定性和定量，都是比較不準確的稱呼。
PCR*重要的就是個升降溫過程，*初的水浴鍋式PCR，就是三個水浴箱，一個機械臂，定時抓出反應槽轉換水浴鍋。這種東東體積大，迅速慢，但其實結果并不比以后的PCR儀差，我現在都很欣賞。后來有人利用致冷和加熱做成了，固定位置升降溫的PCR擴增儀。
后來隨著定量技術的發展，有公司將擴增儀和檢測做成一體，也就成了現在所謂的全自動（或定量）PCR儀。當然標準的叫實時熒光定量PCR儀。 空氣加熱，用空氣做介質有優點，與反應體系無縫接觸，但是空氣的導熱性差、比熱小的弱點明顯。因此空氣加熱的要利用離心來產生空氣流動，增強導熱性，同時使用毛細管，加大接觸面積、試劑微量化來彌補。這樣做了以后效果還是不錯。但有的廠商把什么離心、毛細管的好處大講特講，對氣加熱的弱點閉口不談，卻是高明的市場手法。同時，使用離心，對標本量增大是有影響的并且標本量越大，空氣比熱小的弱點就越明顯，所以空所加熱的儀器標本量都比較小。使用毛細管后由于反應液與管的接觸面積增大，吸附現象更大，因此試劑的通用性差一般要專門開發，成本高，雖然試劑用量少，但因為是專用試劑，每人份就是以實際量算，并不省試劑。反而增加了毛細管成本。
關于選購，根據單位情況而定，由于PCR的技術含量其實并不高，好的國產儀器如杭州博日（與日本有名廠商大和有關）也差不太多。關于進口儀器，羅氏的儀器不錯，但如果標本量大，建議不要用羅氏。一則會累死的。另外，每個標本要分攤的標準曲線、對照成本太高。同時，試劑也比較受限。
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